乙型肝炎病毒(HBV)属嗜肝DNA病毒科(hepadnaviridae)，基因组长约3.2kb，为部分双链环状DNA。

　　HBV侵入人体后，与肝细胞膜上的受体结合，脱去包膜，穿入肝细胞质内，然后脱去衣壳，部分双链环状HBV DNA进入肝细胞核内，在宿主酶的作用下，以负链DNA为模板延长正链，修补正链中的裂隙区，形成共价闭合环状DNA (cccDNA)，然后以cccDNA为模板，在宿主RNA聚合酶II的作用下，转录成几种不同长短的mRNA，其中3.5kb的mRNA含有HBV DNA序列上全部遗传信息，称为前基因组RNA。后者进入肝细胞质作为模板，在HBV逆转录酶作用下，合成负链DNA；再以负链DNA为模板，在HBV DNA聚合酶作用下，合成正链DNA，形成子代的部分双链环状DNA，最后装配成完整的HBV，释放至肝细胞外。胞质中的子代部分双链环状DNA也可进入肝细胞核内，再形成cccDNA并继续复制。cccDNA半寿(衰)期长，很难从体内彻底清除[1, 2]。

　　HBV含４个部分重叠的开放读码框(ORF)，即前S／S区、前C／C区、P区和X区。前S/S区编码大(前S1、前S2及S)、中(前S2及S)、小(S) 3种包膜蛋白；前C/C区编码HBeAg及HBcAg；P区编码聚合酶；X区编码X蛋白。前C区和基本核心启动子(BCP)的变异可产生HBeAg阴性变异株。前C区最常见的变异为G1896A点突变，形成终止密码子(TAG)，不表达HBeAg。BCP区最常见的变异是A1762T/G1764A联合点突变，选择性地抑制前C mRNA的转录，降低HBeAg合成[3]。

　　P基因变异主要见于POL/RT基因片段(349~692 aa，即rt1~rt344)。在拉米夫定治疗中，最常见的是酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸(YMDD)变异，即由YMDD变异为YIDD (rtM204I)或YVDD (rtM204V)，并常伴有rtL180M变异，且受药物选择而逐渐成为对拉米夫定耐药的优势株[4] (Ⅰ)。S基因变异可导致隐匿性HBV感染(occult HBV infection)，表现为血清HBsAg阴性，但仍可有HBV低水平复制(血清HBV DNA常< 104拷贝/ml)[5]。
　　根据HBV全基因序列差异≥8%或S区基因序列差异≥4%，目前HBV分为A~H 8个基因型。各基因型又可分为不同基因亚型。A基因型慢性乙型肝炎患者对干扰素治疗的应答率高于D基因型，B基因型高于C基因型；A和D基因型又高于B和C基因型[6] (Ⅰ)。基因型是否影响核苷(酸)类似物的疗效尚未确定。

　　HBV易发生变异。在HBV感染者体内，常形成以一个优势株为主的相关突变株病毒群，称为准种(quasispecies)，其确切的临床意义有待进一步证实。HBV的抵抗力较强，但65℃10 h、煮沸10 min或高压蒸气均可灭活HBV。含氯制剂、环氧乙烷、戊二醛、过氧乙酸和碘伏等也有较好的灭活效果。